Da die Asiatische Fußball-Konföderation das Format der AFC Champions League überarbeitet und die Art und Weise, wie der Wettbewerb durchgeführt wird, erheblich geändert hat, kommen die Mannschaften, die sich für den AFC-Pokal qualifiziert haben, im Vergleich zu den vorherigen Ausgaben ebenfalls aus anderen Ländern.
3 Mannschaften, die die Kriterien für die Teilnahme an den Qualifikations-Play-offs der AFC Champions League 2009 nicht erfüllten (jeder Verband musste sich also um eine weitere Mannschaft qualifizieren):
Jeder Verein spielt Doppel-Round-Robin (Heim und Auswärts) gegen drei andere Gruppenmitglieder, insgesamt jeweils 6 Spiele. Vereine erhalten 3 Punkte für einen Sieg, 1 Punkt für ein Unentschieden, 0 Punkte für eine Niederlage. Die Klubs sind nach Punkten geordnet und die Tie-Breaker sind in folgender Reihenfolge:
Höhere Punktzahl in den Gruppenspielen zwischen den betroffenen Mannschaften;
Tordifferenz aus den Gruppenspielen zwischen den betroffenen Mannschaften; ( Auswärtstore gelten nicht)
Höhere Anzahl von Toren, die in den Gruppenspielen zwischen den betroffenen Mannschaften erzielt wurden; ( Auswärtstore gelten nicht)
Tordifferenz in allen Gruppenspielen;
Höhere Anzahl erzielter Tore in allen Gruppenspielen;
Tritte von der Strafstoßmarke, wenn nur zwei Mannschaften beteiligt sind und sich beide auf dem Spielfeld befinden;
Weniger Punkte, berechnet nach der Anzahl der Gelben und Roten Karten, die in den Gruppenspielen erhalten wurden; (1 Punkt für jede Gelbe Karte, 3 Punkte für jede Rote Karte als Folge von zwei Gelben Karten, 3 Punkte für jede direkte Rote Karte, 4 Punkte für jede Gelbe Karte gefolgt von einer direkten Roten Karte)
Auslosung von Losen.
Die Sieger und Zweitplatzierten jeder Gruppe qualifizieren sich für die nächste Runde.
Die Auslosung für das Achtelfinale des AFC Cup 2009 fand am 12. Januar 2009 zusammen mit der Auslosung der Gruppenphase statt. Die Spiele in Westasien wurden am 26. Mai ausgetragen, während die Spiele in Ostasien am 23. Juni ausgetragen wurden.
Die Auslosung für das Viertelfinale und die restlichen K.o.-Runden fand am 29. Juni 2009 ab 19:30 Uhr in Kuala Lumpur , Malaysia statt . Die Hinspiele wurden am 15. September ausgetragen, die Rückspiele am 30. September.