1971 von Dionisio Muñoz Jerez gegründet. Die Gründungsurkunde des Vereins wurde am 20. Juli desselben Jahres unterzeichnet. Alcorcón verbrachte ungefähr seine ersten 30 Jahre seines Bestehens zwischen der vierten Liga und den Regionalligen. Alcorcón bestritt sein erstes Spiel am 8. September 1971 gegen Atlético Madrid (Jugendmannschaft) und verlor es mit 0:2. In den Jahren 2000/01 gab es sein Debüt in der Segunda División B , belegte den 12. Platz und verbrachte die folgenden Spielzeiten im Mittelfeld der Tabelle. Die Saison 2003/04 beendete Alcolcórn unter der Leitung von Trainer Raúl González auf dem 10. Platz in der Segunda División B.
In 2008-09 , ein dritten Platz in der regulären Saison gemeint war Alcorcón erlaubt in der Förderung Play-offs zum ersten Mal in seiner Geschichte erscheinen. Nach der Entsorgung von Sant Andreu und Alcoyano wurde der Verein in der Endrunde von Real Unión of Irun mit einem Gesamtergebnis von 3-1 verdrängt .
Am 10. November, im Rückspiel im Santiago Bernabéu , verlor der Verein 1-0, gewann aber insgesamt 4-1 und erreichte damit die nächste Runde der letzten 16, wo der Verein von Racing de Santander verdrängt wurde , 2– 3 auf Aggregat.
Im Jahr 2017 qualifizierte sich Alcorcón nach einem Elfmeterschießen-Sieg über Espanyol zum ersten Mal in seiner Geschichte für das Viertelfinale der Copa del Rey , wurde jedoch insgesamt von Alavés mit 2:0 geschlagen . Der Verein war in der Saison 2017/18 13. in der Segunda División, nur 4 Punkte vom Abstieg entfernt, und kämpfte auch in der nächsten Saison, behielt aber seinen Platz in der Segunda División, nachdem er die Saison auf dem 14. Platz beendet hatte.
Hinweis: Flaggen weisen auf die Nationalmannschaft gemäß den FIFA-Spielberechtigungsregeln hin . Spieler können mehr als eine Nicht-FIFA-Nationalität besitzen.
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