Entrez - Entrez
Das Entrez (ausgesprochen ɒnˈtreɪ ) Global Query Cross-Database Search System ist eine föderierte Suchmaschine oder ein Webportal , das es Benutzern ermöglicht, viele einzelne gesundheitswissenschaftliche Datenbanken auf der Website des National Center for Biotechnology Information (NCBI) zu durchsuchen . Das NCBI ist Teil der National Library of Medicine (NLM), die selbst eine Abteilung der National Institutes of Health (NIH) ist, die wiederum Teil des US-amerikanischen Gesundheitsministeriums ist . Der Name "Entrez" (ein Gruß, der auf Französisch "Komm herein" bedeutet) wurde gewählt, um den Geist der Öffentlichkeit widerzuspiegeln, die von der NLM verfügbaren Inhalte zu durchsuchen.
Entrez Global Query ist ein integriertes Such- und Retrievalsystem, das den gleichzeitigen Zugriff auf alle Datenbanken mit einer einzigen Abfragezeichenfolge und Benutzeroberfläche ermöglicht. Entrez kann verwandte Sequenzen , Strukturen und Referenzen effizient abrufen . Das Entrez-System kann Ansichten von Gen- und Proteinsequenzen und Chromosomenkarten bereitstellen . Einige Lehrbücher sind auch online über das Entrez-System verfügbar.
Merkmale
Die Startseite von Entrez bietet standardmäßig Zugriff auf die globale Abfrage. Alle von Entrez indizierten Datenbanken können über eine einzige Abfragezeichenfolge durchsucht werden, wobei Boolesche Operatoren und Suchbegriff-Tags unterstützt werden, um Teile der Suchanweisung auf bestimmte Felder zu beschränken. Dies gibt eine einheitliche Ergebnisseite zurück, die die Anzahl der Treffer für die Suche in jeder der Datenbanken anzeigt, die auch Links zu den tatsächlichen Suchergebnissen für diese bestimmte Datenbank sind.
Entrez bietet auch eine ähnliche Schnittstelle zum Durchsuchen jeder einzelnen Datenbank und zum Verfeinern von Suchergebnissen. Die Limits-Funktion ermöglicht es dem Benutzer, eine Suche in einer Webformularschnittstelle einzuschränken. Die Verlaufsfunktion bietet eine nummerierte Liste der zuletzt durchgeführten Abfragen. Auf Ergebnisse früherer Abfragen kann nach Nummern verwiesen und über boolesche Operatoren kombiniert werden. Suchergebnisse können temporär in einer Zwischenablage gespeichert werden. Benutzer mit einem MyNCBI-Konto können Abfragen auf unbestimmte Zeit speichern und sich auch für gespeicherte Abfragen der meisten Datenbanken Updates mit neuen Suchergebnissen per E-Mail zusenden lassen. Es wird im Bereich der Biotechnologie als Nachschlagewerk für Studenten und Fachleute gleichermaßen verwendet.
Datenbanken
Entrez durchsucht die folgenden Datenbanken:
- PubMed : Biomedizinische Literaturzitate und Abstracts, einschließlich Medline- Artikel aus (hauptsächlich medizinischen ) Zeitschriften , oft mit Abstracts. Für Artikel aus den 1990er Jahren werden Links zu PubMed Central und anderen Volltextressourcen bereitgestellt.
- PubMed Central : kostenlose Zeitschriftenartikel im Volltext
- Site Search: NCBI-Web- und FTP-Websites
- Bücher: Online-Bücher
- Online Mendelsche Vererbung beim Menschen (OMIM)
- Nukleotid : Sequenzdatenbank ( GenBank )
- Protein : Sequenzdatenbank
- Genom : vollständige Genomsequenzen und -kartierung
- Struktur : dreidimensionale makromolekulare Strukturen
- Taxonomie : Organismen in der GenBank-Taxonomie
- dbSNP : Einzelnukleotid-Polymorphismus
- Gen : Genzentrierte Information
- HomoloGene : eukaryotische Homologiegruppen
- PubChem Compound: einzigartige chemische Strukturen kleiner Moleküle
- PubChem Substance: hinterlegte chemische Substanzaufzeichnungen
- Genomprojekt : Informationen zum Genomprojekt
- UniGene : Gen-orientierte Cluster von Transkriptsequenzen
- CDD : Datenbank für konservierte Proteindomänen
- PopSet : Datensätze von Bevölkerungsstudien ( Epidemiologie )
- GEO-Profile : Expressions- und molekulare Häufigkeitsprofile
- GEO DataSets : experimentelle Sätze von GEO-Daten
- Sequenz lesen Archiv : Hochdurchsatz - Sequenzierungsdaten
- Krebschromosomen : zytogenetische Datenbanken
- PubChem BioAssay : Bioaktivitäts- Screening chemischer Substanzen
- Sonde : sequenzspezifische Reagenzien
- NLM-Katalog : Bibliografische NLM-Daten für über 1,2 Millionen Zeitschriften, Bücher, audiovisuelle Medien, Computersoftware, elektronische Ressourcen und andere Materialien in LocatorPlus (wird jeden Wochentag aktualisiert).
Betreten
Zusätzlich zur Verwendung der Suchmaschinenformulare zum Abfragen der Daten in Entrez bietet NCBI die Entrez Programming Utilities (eUtils) für einen direkteren Zugriff auf Abfrageergebnisse. Auf die eUtils wird zugegriffen, indem speziell geformte URLs an den NCBI-Server gesendet und die XML-Antwort analysiert werden. Es gab auch eine eUtils SOAP- Schnittstelle, die im Juli 2015 beendet wurde.
Geschichte
1991 wurde Entrez in CD-Form eingeführt. 1993 stellte eine Client-Server-Version der Software die Konnektivität mit dem Internet bereit. 1994 richtete NCBI eine Website ein und Entrez war ein Teil dieser ersten Veröffentlichung. 2001 wurde das Bücherregal Entrez veröffentlicht und 2003 die Datenbank Entrez Gene entwickelt.