Geboren in Bojnice , Tschechoslowakei, trainierte Habšudová ursprünglich als Turnerin, wechselte aber im Alter von zehn Jahren auf Anregung ihrer Mutter, die selbst eine ehemalige Amateur-Tennisspielerin war, zum Tennis. Im Alter von 14 Jahren war sie bereits die beste Nachwuchsspielerin der Tschechoslowakei. 1990 wurde sie zur ITF-Junior-Weltmeisterin gekrönt und im folgenden Jahr gewann sie den Titel im Mädcheneinzel bei den US Open.
Als Profi schaffte sie 1991 die vierte Runde der Australian Open, als sie noch ein Schulmädchen war, aber ihr frühes Versprechen wurde durch gesundheitliche Probleme und Verletzungen, darunter eine Lungenentzündung im Jahr 1993 und eine Knöchelverletzung im folgenden Jahr, beeinträchtigt. Nachdem sie sich im Frühjahr 1995 erneut verletzt hatte, als sie es unter die Top 30 geschafft hatte, kehrte sie in ihr erfolgreichstes Jahr 1996 zurück, in dem sie unter anderem das Finale der German Open und das Viertelfinale der Französische Open . Bei letzterem besiegte sie Martina Hingis und Anke Huber und servierte sich einen Platz im Halbfinale gegen Arantxa Sánchez Vicario , verlor aber im dritten Satz schließlich 8-10.
Habšudová schaffte es schließlich Anfang 1997, als sie das Finale der Generali Ladies Linz erreichte , die Top 10 und war damit die erste Frau, die die Slowakei vertrat. Obwohl sie bis 2003 auf der Tour spielte, erreichte sie nie wieder den gleichen Erfolg ihrer Durchbruchsaison, mit späteren Höhepunkten wie dem Gewinn des Hopman Cups 1998 und ihrem einzigen WTA-Einzeltitel bei den Austrian Open 1999 erreichte das Halbfinale des Wimbledon Mixed-Doppel-Turniers mit David Rikl .
Nach ihrer Pensionierung arbeitete sie mehrere Jahre als Sportredakteurin. 2003 heiratete sie ihren Mann Milan Cílek und sie haben drei gemeinsame Kinder.