Orientierungen von Proteinen in der Membrandatenbank - Orientations of Proteins in Membranes database

Orientations von Proteinen in Membranes ( OPM ) Datenbank liefern räumliche Positionen von Membranproteinstrukturen in Bezug auf die Lipid - Doppelschicht . Die Positionen der Proteine ​​werden unter Verwendung eines impliziten Solvatationsmodells der Lipiddoppelschicht berechnet. Die Ergebnisse der Berechnungen wurden gegen experimentelle Untersuchungen der räumlichen Anordnung von Transmembran- und peripheren Proteinen in Membranen verifiziert .

Proteinstrukturen werden aus der Proteindatenbank entnommen . OPM bietet auch eine strukturelle Klassifizierung von membranassoziierten Proteinen in Familien und Superfamilien, Membrantopologie , Quartärstruktur von Proteinen im membrangebundenen Zustand und den Typ einer Zielmembran für jedes Protein. Die Koordinatendateien mit berechneten Membrangrenzen können heruntergeladen werden. Die Stelle ermöglicht die Visualisierung von Proteinstrukturen mit Membrangrenzebenen durch Jmol .

Die Datenbank wurde häufig in experimentellen und theoretischen Studien zu membranassoziierten Proteinen verwendet. Strukturen vieler membranassoziierter Proteine ​​werden jedoch nicht in die Datenbank aufgenommen, wenn ihre räumliche Anordnung in der Membran aus der dreidimensionalen Struktur nicht rechnerisch vorhergesagt werden kann. Dies ist der Fall, wenn alle membranverankernden Teile der Proteine ​​( amphiphile Alpha-Helices , exponierte unpolare Reste oder lipidierte Aminosäurereste ) in den experimentellen Strukturen fehlen. Die Datenbank enthält auch keine Strukturen mit niedrigerer Auflösung, bei denen nur Hauptkettenatome von der Proteindatenbank bereitgestellt werden . Die berechneten räumlichen Anordnungen der Proteinstrukturen mit niedrigerer Auflösung in der Lipiddoppelschicht können in anderen Ressourcen wie PDBTM gefunden werden.

Verweise