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PubMed
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Forschungszentrum Vereinigte Staaten Nationalbibliothek für Medizin (NLM)
Veröffentlichungsdatum Januar 1996 ; vor 25 Jahren ( 1996-01 )
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Webseite pubmed .ncbi .nlm .nih .gov

PubMed ist eine kostenlose Suchmaschine, die hauptsächlich auf die MEDLINE- Datenbank mit Referenzen und Abstracts zu Biowissenschaften und biomedizinischen Themen zugreift . Die US-amerikanische National Library of Medicine (NLM) der National Institutes of Health verwaltet die Datenbank als Teil des Entrez- Systems zur Informationsabfrage .

Von 1971 bis 1997 erfolgte der Online-Zugriff auf die MEDLINE-Datenbank hauptsächlich über institutionelle Einrichtungen wie Universitätsbibliotheken . PubMed, das erstmals im Januar 1996 veröffentlicht wurde, leitete die Ära der privaten, kostenlosen MEDLINE-Suche zu Hause und im Büro ein. Das PubMed-System wurde ab Juni 1997 der Öffentlichkeit kostenlos angeboten.

Inhalt

Neben MEDLINE bietet PubMed Zugriff auf:

  • ältere Referenzen aus der Druckversion von Index Medicus , zurück bis 1951 und früher
  • Verweise auf einige Zeitschriften, bevor sie in Index Medicus und MEDLINE indiziert wurden, z. B. Science , BMJ und Annals of Surgery
  • sehr aktuelle Einträge in Datensätzen für einen Artikel, bevor dieser mit Medical Subject Headings (MeSH) indiziert und zu MEDLINE hinzugefügt wird
  • eine Sammlung von Büchern, die im Volltext verfügbar sind, und andere Teilmengen von NLM-Datensätzen
  • PMC- Zitate
  • NCBI Bücherregal

Viele PubMed-Datensätze enthalten Links zu Volltextartikeln, von denen einige frei verfügbar sind, oft in PubMed Central und lokalen Mirrors, wie beispielsweise Europe PubMed Central .

Informationen zu den in MEDLINE indizierten und über PubMed verfügbaren Zeitschriften finden Sie im NLM-Katalog.

Mit Stand vom 27. Januar 2020 verfügt PubMed über mehr als 30 Millionen Zitate und Abstracts aus dem Jahr 1966, selektiv aus dem Jahr 1865 und sehr selektiv aus dem Jahr 1809. Ab dem gleichen Datum sind 20 Millionen der PubMed-Datensätze mit ihren Abstracts aufgelistet und 21,5 Millionen Datensätze haben Links zu Volltextversionen (davon 7,5 Millionen Artikel verfügbar, Volltext kostenlos). In den letzten 10 Jahren (bis 31. Dezember 2019) kamen jedes Jahr durchschnittlich fast 1 Million neue Datensätze hinzu. Etwa 12 % der Einträge in PubMed entsprechen krebsbezogenen Einträgen, die von 6 % in den 1950er Jahren auf 16 % im Jahr 2016 angestiegen sind %), und "Infektion" (5%).

Im Jahr 2016 änderte NLM das Indexierungssystem, sodass Verlage Tippfehler und Fehler in PubMed-indizierten Artikeln direkt korrigieren können.

Es wurde berichtet, dass PubMed einige Artikel enthält, die in räuberischen Zeitschriften veröffentlicht wurden. Die Richtlinien von MEDLINE und PubMed für die Auswahl von Zeitschriften zur Aufnahme in die Datenbank unterscheiden sich geringfügig. Schwächen in den Kriterien und Verfahren für die Indexierung von Zeitschriften in PubMed Central können dazu führen, dass Veröffentlichungen aus räuberischen Zeitschriften in PubMed gelangen.

Eigenschaften

Website design

Eine neue PubMed-Schnittstelle wurde im Oktober 2009 eingeführt und förderte die Verwendung solcher schnellen, Google-ähnlichen Suchformulierungen; sie wurden auch als "Telegramm"-Suchen bezeichnet. Standardmäßig werden die Ergebnisse nach Neueste sortiert, aber dies kann in Beste Übereinstimmung, Veröffentlichungsdatum, Erstautor, Letzter Autor, Zeitschrift oder Titel geändert werden.

Das Design und die Domain der PubMed-Website wurden im Januar 2020 aktualisiert und wurden am 15. Mai 2020 mit den aktualisierten und neuen Funktionen standardmäßig eingestellt. Es gab eine kritische Reaktion von vielen Forschern, die die Site häufig nutzen.

PubMed für Handhelds/Mobilgeräte

Auf PubMed/MEDLINE kann über Handheld-Geräte zugegriffen werden, beispielsweise mit der vom NLM geschaffenen Option "PICO" (für fokussierte klinische Fragen). Eine "PubMed Mobile"-Option, die Zugriff auf eine mobilfreundliche, vereinfachte PubMed-Version bietet, ist ebenfalls verfügbar.

Suche

Standardsuche

Einfache Recherchen in PubMed können durchgeführt werden, indem Schlüsselaspekte eines Themas in das Suchfenster von PubMed eingegeben werden.

PubMed übersetzt diese anfängliche Suchformulierung und fügt automatisch Feldnamen, relevante MeSH (Medical Subject Headings)-Begriffe, Synonyme, Boolesche Operatoren hinzu und "verschachtelt" die resultierenden Begriffe entsprechend, wodurch die Suchformulierung erheblich verbessert wird, insbesondere durch routinemäßiges Kombinieren (unter Verwendung des OR Operator) Textwörter und MeSH-Begriffe.

Die Beispiele in einem PubMed-Tutorial zeigen, wie dieser automatische Prozess funktioniert:

Ursachen Schlafwandeln wird übersetzt als („Ätiologie“[Untertitel] ODER „Ätiologie“[Alle Felder] ODER „Ursachen“[Alle Felder] ODER „Kausalität“[MeSH-Begriffe] ODER „Kausalität“[Alle Felder]) UND („Somnambulismus „[MeSH-Begriffe] ODER „Somnambulismus“[Alle Felder] ODER („Schlaf“[Alle Felder] UND „Gehen“[Alle Felder]) ODER „Schlafen Gehen“[Alle Felder])

Gleichfalls,

Soft Attack Aspirin Prevention wird übersetzt als („Myokardinfarkt“[MeSH-Begriffe] ODER („Myokard“[Alle Felder] UND „Infarkt“[Alle Felder]) ODER „Myokardinfarkt“[Alle Felder] ODER („Herz“[Alle Felder] UND „Angriff“[Alle Felder]) ODER „Herzinfarkt“[Alle Felder]) UND („Aspirin“[MeSH-Begriffe] ODER „Aspirin“[Alle Felder]) UND („Prävention und Kontrolle“[Untertitel] ODER ("Prävention"[Alle Felder] UND "Kontrolle"[Alle Felder]) ODER "Prävention und Kontrolle"[Alle Felder] ODER "Prävention"[Alle Felder])

Umfassende Suche

Für eine optimale Suche in PubMed ist es notwendig, die Kernkomponente MEDLINE und insbesondere das von MeSH (Medical Subject Headings) kontrollierte Vokabular zu verstehen, das zur Indexierung von MEDLINE-Artikeln verwendet wird. Sie können auch komplexe Suchstrategien, die Verwendung von Feldnamen (Tags), die richtige Verwendung von Grenzen und anderen Funktionen erfordern; Referenzbibliothekare und Suchspezialisten bieten Suchdienste an.

Die Suche im Suchfenster von PubMed empfiehlt sich nur für die Suche nach eindeutigen Themen oder neuen Interventionen, für die noch keine MeSH-Überschrift erstellt wurde, sowie für die Suche nach Handelsmarken von Arzneimitteln und Eigennamen. Es ist auch sinnvoll, wenn es keine passende Überschrift gibt oder der Deskriptor einen Teilaspekt darstellt. Die Suche mit dem Thesaurus MeSH ist genauer und führt zu weniger irrelevanten Ergebnissen. Außerdem erspart es den Nachteil der Freitextsuche, bei der die Schreibweise, Singular/Plural oder abgekürzte Unterschiede berücksichtigt werden müssen. Auf der anderen Seite werden Artikel, die neuerdings in die Datenbank aufgenommen wurden und denen noch keine Deskriptoren zugeordnet wurden, nicht gefunden. Um eine erschöpfende Suche zu gewährleisten, muss daher eine Kombination aus kontrollierten Sprachüberschriften und Freitextbegriffen verwendet werden.

Parameter für Zeitschriftenartikel

Bei der Indexierung eines Zeitschriftenartikels werden zahlreiche Artikelparameter extrahiert und als strukturierte Informationen gespeichert. Solche Parameter sind: Artikeltyp (MeSH-Begriffe, zB "Clinical Trial"), Sekundäridentifikatoren, (MeSH-Begriffe), Sprache, Land der Zeitschrift oder Publikationshistorie (E-Publikationsdatum, Publikationsdatum Print-Zeitschrift).

Publikationstyp: Klinische Anfragen/systematische Reviews

Der Parameter für den Veröffentlichungstyp ermöglicht die Suche nach dem Typ der Veröffentlichung , einschließlich Berichten über verschiedene Arten klinischer Forschung.

Sekundäre ID

Seit Juli 2005 extrahiert der MEDLINE-Artikelindexierungsprozess Identifikatoren aus der Artikelzusammenfassung und legt diese in einem Feld namens Secondary Identifier (SI) ab. Das sekundäre Kennungsfeld dient zum Speichern von Zugangsnummern zu verschiedenen Datenbanken mit molekularen Sequenzdaten, Genexpression oder chemischen Verbindungen und klinischen Studien-IDs. Für klinische Studien extrahiert PubMed Studien-IDs für die beiden größten Studienregister: ClinicalTrials.gov (NCT-Kennung) und das International Standard Randomized Controlled Trial Number Register (IRCTN-Kennung).

Siehe auch

Eine als besonders relevant erachtete Referenz kann markiert und "verwandte Artikel" identifiziert werden. Falls relevant, können mehrere Studien ausgewählt und zugehörige Artikel zu allen generiert werden (in PubMed oder einer der anderen NCBI Entrez-Datenbanken) mit der Option „Zugehörige Daten suchen“. Die verwandten Artikel werden dann in der Reihenfolge "Verwandtschaft" aufgelistet. Um diese Listen verwandter Artikel zu erstellen, vergleicht PubMed Wörter aus dem Titel und der Zusammenfassung jedes Zitats sowie den zugewiesenen MeSH-Überschriften mit einem leistungsstarken wortgewichteten Algorithmus. Die Funktion der 'verwandten Artikel' wurde als so präzise beurteilt, dass die Autoren eines Artikels vorschlugen, sie anstelle einer vollständigen Suche zu verwenden.

Zuordnung zu MeSH

PubMed verlinkt automatisch auf MeSH-Begriffe und Unterüberschriften. Beispiele wären: "Mundgeruch" verlinkt auf (und schließt in die Suche ein) "Halitosis", "Herzinfarkt" auf "Myokardinfarkt", "Brustkrebs" auf "Mammatumoren". Gegebenenfalls werden diese MeSH-Begriffe automatisch „erweitert“, d. h. um spezifischere Begriffe. Begriffe wie "Pflege" werden automatisch mit "Pflege [MeSH]" oder "Pflege [Untertitel]" verknüpft. Diese Funktion heißt Auto Term Mapping und wird standardmäßig bei der Freitextsuche, jedoch nicht bei der Suche nach exakten Wortgruppen (dh die Suchanfrage in doppelte Anführungszeichen eingeschlossen) eingesetzt. Diese Funktion macht die PubMed-Suche sensibler und vermeidet falsch-negative (verpasste) Treffer, indem die Vielfalt der medizinischen Terminologie ausgeglichen wird.

PubMed wendet unter folgenden Umständen keine automatische Zuordnung des Begriffs an: durch Schreiben des zitierten Ausdrucks (z. Krebs [ti]).

Mein NCBI

Die optionale PubMed-Funktion "My NCBI" (mit kostenloser Registrierung) bietet Tools für

  • Suchen speichern
  • Suchergebnisse filtern
  • Einrichten automatischer Updates per E-Mail
  • Speichern von Referenzen, die als Teil einer PubMed-Suche abgerufen wurden
  • Anzeigeformate konfigurieren oder Suchbegriffe hervorheben

und viele weitere Möglichkeiten. Auf den Bereich "Mein NCBI" kann von jedem Computer mit Web-Zugang zugegriffen werden. Eine frühere Version von "My NCBI" hieß "PubMed Cubby".

LinkOut

LinkOut ist eine NLM-Funktion zum Verknüpfen und Verfügbarmachen von lokalen Zeitschriftenbeständen im Volltext. Etwa 3.200 Standorte (hauptsächlich akademische Einrichtungen) sind an dieser NLM-Einrichtung beteiligt (Stand März 2010), von der Universität Aalborg in Dänemark bis hin zu ZymoGenetics in Seattle. Benutzer dieser Institutionen sehen das Logo ihrer Institution im PubMed-Suchergebnis (wenn die Zeitschrift an dieser Institution geführt wird) und können auf den Volltext zugreifen. Link Out wird ab dem großen Plattform-Update im Sommer 2019 mit Outside Tool konsolidiert.

PubMed Commons

Im Jahr 2016 ermöglicht PubMed Autoren von Artikeln, von PubMed indizierte Artikel zu kommentieren. Dieses Feature wurde zunächst in einem Pilotmodus (seit 2013) getestet und wurde 2016 dauerhaft eingestellt. Im Februar 2018 wurde PubMed Commons aufgrund der Tatsache eingestellt, dass "die Nutzung minimal geblieben ist".

fragenMEDLINE

askMEDLINE, ein vom NLM entwickeltes Freitext-Abfragetool für MEDLINE/PubMed, das auch für Handhelds geeignet ist.

PubMed-Kennung

Eine PMID (PubMed Identifier oder PubMed Unique Identifier) ​​ist ein eindeutiger ganzzahliger Wert beginnend bei 1, der jedem PubMed-Eintrag zugewiesen wird. Eine PMID ist nicht dasselbe wie eine PMCID (PubMed Central Identifier), die die Kennung für alle im frei zugänglichen PubMed Central veröffentlichten Werke ist .

Die Zuordnung einer PMID oder PMCID zu einer Publikation sagt dem Leser nichts über die Art oder Qualität des Inhalts aus. PMIDs werden zugewiesen Briefe an den Herausgeber , Redaktion Meinungen, op-ed Säulen und jedes andere Stück , dass der Editor wählt in der Zeitschrift enthalten, sowie Peer-Review - Papiere. Das Vorhandensein der Identifikationsnummer ist auch kein Beweis dafür, dass die Papiere nicht wegen Betrugs, Inkompetenz oder Fehlverhaltens eingezogen wurden . Die Ankündigung von Korrekturen an Originalarbeiten kann mit einer PMID versehen werden.

Jede Nummer, die in das PubMed-Suchfenster eingegeben wird, wird standardmäßig wie eine PMID behandelt. Daher kann jede Referenz in PubMed mithilfe der PMID gefunden werden.

Alternative Schnittstellen

MEDLINE ist eine der Datenbanken, die über PubMed zugänglich sind. Mehrere Unternehmen bieten über ihre Plattformen Zugang zu MEDLINE.

Die National Library of Medicine vermietet die MEDLINE-Informationen an eine Reihe von privaten Anbietern wie Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder und viele andere kommerzielle, nicht-kommerzielle und akademische Anbieter. Bis Oktober 2008 wurden mehr als 500 Lizenzen ausgestellt, davon mehr als 200 an Anbieter außerhalb der USA. Da Lizenzen zur Nutzung von MEDLINE-Daten kostenlos erhältlich sind, bietet das NLM praktisch ein kostenloses Testgelände für eine Vielzahl alternativer Schnittstellen und Ergänzungen von Drittanbietern zu PubMed, einer der wenigen großen, professionell kuratierten Datenbanken, die diese Option bieten.

Lu identifiziert ein Beispiel von 28 aktuellen und kostenlosen webbasierten PubMed-Versionen, die keine Installation oder Registrierung erfordern, die in vier Kategorien eingeteilt sind:

  1. Ranking der Suchergebnisse, zum Beispiel: eTBLAST ; MedlineRanker; MiSearch;
  2. Clustering-Ergebnisse nach Themen, Autoren, Zeitschriften etc., zum Beispiel: Anne O'Tate ; ClusterMed;
  3. Verbesserung der Semantik und Visualisierung, zum Beispiel: EBIMed; MedEvi.
  4. Verbesserte Suchoberfläche und Abruferfahrung, zum Beispiel askMEDLINE BabelMeSH; und PubCrawler.

Da die meisten dieser und andere Alternativen im Wesentlichen auf PubMed/MEDLINE-Daten basieren, die unter Lizenz von NLM/PubMed geleast wurden, wurde der Begriff „PubMed-Derivate“ vorgeschlagen. Ohne die Notwendigkeit, etwa 90 GB originaler PubMed-Datensätze speichern zu müssen, kann jeder PubMed-Anwendungen mit der Programmschnittstelle eutils-application schreiben, wie in "The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More" von Eric Sayers, PhD, beschrieben. Verschiedene Zitationsformatgeneratoren, die PMID-Nummern als Eingabe verwenden, sind Beispiele für Webanwendungen, die die Programmschnittstelle eutils-application verwenden. Beispiele für Webseiten sind Citation Generator - Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator - Ultraschall der Woche , PMID2cite und Cite this for me .

Data-Mining von PubMed

Alternative Methoden , um die Daten in Mine PubMed Verwendung Programmierumgebungen wie Matlab , Python oder R . In diesen Fällen werden Abfragen von PubMed als Codezeilen geschrieben und an PubMed übergeben und die Antwort dann direkt in der Programmierumgebung verarbeitet. Code kann automatisiert werden, um systematisch Abfragen mit verschiedenen Schlüsselwörtern wie Krankheit, Jahr, Organe usw. durchzuführen. Eine kürzlich veröffentlichte Veröffentlichung (2017) ergab, dass der Anteil der krebsbezogenen Einträge in PubMed von 6% in den 1950er Jahren auf 16% im Jahr 2016 gestiegen ist .

Die von PubMed zugänglichen Daten können mit einem inoffiziellen Tool wie MEDOC lokal gespiegelt werden.

Millionen von PubMed-Datensätzen ergänzen verschiedene offene Datensätze zu Open Access , wie beispielsweise Unpaywall . Datenanalysetools wie Unpaywall Journals werden von Bibliotheken verwendet, um bei großen Stornierungen zu helfen : Bibliotheken können Abonnements für Materialien vermeiden, die bereits durch sofortigen Open Access über offene Archive wie PubMed Central bereitgestellt werden .

Siehe auch

Verweise

Externe Links