RedToL - RedToL
RedToL , oder Rotalgenbaum des Lebens, ist Teil der kollaborativen National Science Foundation Assembling the Tree of Life (AToL), die von der Abteilung für Umweltbiologie , Direktion für Biowissenschaften , finanziert wird . Das übergeordnete Ziel von AToL ist es, evolutionäre Beziehungen für große Gruppen von Organismen im Laufe der Lebensgeschichte aufzulösen , wobei an der Forschung häufig große Teams beteiligt sind, die institutionen- und disziplinübergreifend arbeiten. Die Forscher werden in der Regel bei Projekten zur Datenerfassung, -analyse, Algorithmusentwicklung und -verbreitung in der rechnergestützten Phylogenetik und Phyloinformatik unterstützt.
Die phylogenetischen und genomischen Ansätze zur Rekonstruktion des Rotalgenbaums des Lebens konzentrieren sich auf die Rhodophyta ( Rotalgen ), eine der ältesten eukaryotischen Phyla mit fossilen Beweisen für Bangiales, die 1,2 Milliarden Jahre zurückreichen. Rotalgen sind nicht nur wichtige Mitglieder der Marine und Süßwasser Wasserumgebungen , aber sie sind Quellen für wichtige menschliche Nahrungsmittel wie Rotalgen und Sushi - Wrap und haben eine Vielzahl von pharmazeutischen und industriellen Zwecken (zB Agarose und Carrageenane ). Am wichtigsten ist vielleicht die Rolle der Rotalgen bei der Symbiogenese . (Vor> 1 sind Milliarden Jahre) Donor der A Rotalge war der alte Plastiden in Chlorophyll c -haltigen Algen ( Stramenopile oder Stramenopiles) , die nach dem Ende der zum Vorsprung in marinen Ökosystemen stiegen Perms mit Gruppen wie Diatomeen derzeit ca. Bereitstellung 20% des globalen festen Kohlenstoffs .
Ziele
Die Ziele von RedToL sind: 1) Rekonstruktion einer robusten Phylogenie von 471 Rotalgenarten unter Verwendung eines verketteten Datensatzes von 2 nuklearen , 4 plastiden und 2 mitochondrial codierten Genmarkern; 2) -Sequenz Plastiden - Genomen und erzeugen Transkriptom - Datenbanken für 16 Schlüssel Taxa, die die phylogenetischen repräsentieren (zB Klassen- und auftrag Ebene) Breite der Rotalgen, 3) frei verfügbar machen Rotalgen Mehr Gene und Genomdaten über Freisetzung in GenBank und eine projektspezifische Website. Das Outreach- und Studenten-Mentoring-Programm ist ein wichtiger Bestandteil der RedToL-Initiative.
Die 471 ausgewählten Arten aus 294 Gattungen repräsentieren die Vielfalt von rd. 6.000 Rotalgenarten (dh ca. 35% aller Rotalgengattungen werden eingeschlossen, die alle vorhandenen Ordnungen darstellen). Der robuste phylogenetische Rahmen dieser Studie ergibt , ist die Grundlage für eine umfassende taxonomische Überarbeitung der Rotalgen und bildet die Grundlage für wichtige Innovationen bei Rotalgen Interpretation Evolution . Da die ausgewählten Markergene in verschiedenen AToL-Projekten (Assembling the Tree of Life) gemeinsam genutzt werden, bietet dies einen gemeinsamen Rahmen für einen zukünftigen umfassenden eukaryotischen Baum. Vollständige Plastidengenom- und Transkriptomdaten von 16 wichtigen Rotalgentaxa werden ein Genominventar liefern, um das Verständnis der Rotalgenentwicklung zu erleichtern, und die Grundlage für phylogenetische Analysen unter Verwendung eines reichen Satzes (dh Hunderte) vertikal vererbter Gene bilden. Die Genomdaten werden speziell die Beziehungen zwischen den Hauptklassen und Ordnungen von Rotalgen testen. Die RedToL-Teammitglieder kommen aus acht Institutionen, darunter zwei ausländische Mitarbeiter und fünfzehn Beiratsmitglieder, und repräsentieren die bekanntesten aktiven nationalen und internationalen Rotalgenspezialisten verschiedener Generationen, die unterschiedliche Methoden (von Taxonomie bis Phylogenomik ) anwenden, um das Verständnis der Rotalgenbiologie zu verbessern.