Geist in der Muschel: Erhebe dich -Ghost in the Shell: Arise

In Newport City ist eine Bombe explodiert und hat einen großen Waffenhändler getötet, der möglicherweise Verbindungen zur mysteriösen 501-Organisation hat. Der Beamte der öffentlichen Sicherheit, Daisuke Aramaki , heuert Motoko Kusanagi mit den Ermittlungen an, aber im Fall mit ihr sind "Schlafloses Auge" Batou , der Kusanagi für einen Kriminellen hält, Detective Togusa von der Niihama-Polizei, der eine Reihe von Prostituiertenmorden untersucht, von denen er glaubt, dass sie im Zusammenhang stehen zu dem Vorfall, und Oberstleutnant Kurtz von der 501 Organisation, der auch Kusanagi im Auge behalten möchte. Kusanagi leidet unter Gedächtnisverlust , der ihr Fortkommen in dem Fall behindert, und es stellt sich später heraus, dass ihr falsche Erinnerungen implantiert wurden, ein Produkt eines gescheiterten "Ghost Hack", den sie an dem Geldwäsche-Verschwörer Mamuro durchgeführt hatte, der mit infiziert war ein Gedächtnisvirus. Als sie erkennt, dass die 501 Organisation in den Skandal verwickelt war, verlässt sie die Einheit, jetzt im legalen Besitz ihrer eigenen Körperprothese. Sie wird von Aramaki empfangen, der die Bildung einer neuen Einheit innerhalb der Öffentlichen Sicherheit vorschlägt.

Ein ehemaliger Soldat aus dem Qhardistani-Krieg namens Kazuya Soga wird von der japanischen Regierung wegen "Verbrechen gegen die Menschlichkeit" angeklagt. Um seine Unschuld zu beweisen, schickt Soga seine Männer los, um Beweise zu finden, die irgendwo in einem Informationsnetz namens "Büchse der Pandora" versteckt sind. Dieses Team wird vom ehemaligen Ranger Batou angeführt, der auch Geheimdienstoffiziere Ishikawa und Borma sowie den Rest von Sogas Männern beschäftigt. Major Kusanagi wird geschickt, um die Angelegenheit zu untersuchen, was zu einem totalen Krieg zwischen der öffentlichen Sicherheit und Sogas Gruppe führt. Unterwegs ist sie mit Paz sowie einem weiblichen Mitglied der amerikanischen Special Forces namens "VV" verbündet. Saito ist ebenfalls involviert, wechselt aber die Seiten, je nachdem, wer mehr Geld bietet. Nachdem der Kusanagi in den Cyberspace von Soga eingedrungen ist, entdeckt sie, dass er von einem Gedächtnisfälschungsvirus betroffen war, der die Wahrheit über die Ereignisse des Krieges verschleierte, in dem er tatsächlich die Flüchtlinge tötete, die in Wirklichkeit Guerillas waren. Als er die Wahrheit erfährt, beschließt er, sich umzubringen, aber der Virus, den er in die Büchse der Pandora hochzuladen versucht, wird immer noch von niemand anderem als VV getragen. Mit Hilfe von Batou wird VV getötet, bevor sie den Transfer abschließen kann, und wird am Ende des Kampfes als Android entlarvt. Kusanagi verspricht Batou, dass er aus der Haft genommen werden kann, aber nur, wenn er sich entschließt, sich ihrem Team anzuschließen.

Togusa untersucht den Tod von Detective Naoharu Mizuki, der bei einer Explosion an einem Damm getötet wurde, während er einen Koffer mit Beinprothesen der Mermaid's Leg Corporation in der Hand hielt. Togusa befragt Dr. Zhinzhee Bekka Arr Thied, den Leiter einer Wassergesellschaft in Kuzan, die den Damm besitzt, und auch einen Qhardi, wird jedoch aufgefordert, sich zurückzuziehen. Unterdessen wird Major Kusanagis Team aus Batou, Ishikawa, Borma, Paz und Saito gerufen, um eine Separatistenorganisation der Qhardi zu stoppen. Als sie sie erwischen, ist Kusanagi von ihren verseuchten Geistern fasziniert. Aramaki sagt, dass sie es mit einem falschen Gedächtnisvirus zu tun haben, der gleichzeitig von einem Programmierer namens "Fire Starter", dem Führer der Qaurdi-Separatisten in Kuzan, infiltriert, gehackt und einer Gehirnwäsche unterzogen werden kann. Die gefangenen Separatisten haben alle Scylla (スクラス, Sukurasu ) Tattoos. Währenddessen kommt Kusanagi ihrem Freund Akira Hose, der auf Prothetik spezialisiert ist, näher, aber Togusa konfrontiert Kusanagi mit ihm und weist auf einen Zusammenhang zwischen Akira, der Dammexplosion, prothetischen Verbrechen und seiner Verwicklung mit ihr hin. Kusanagi erkennt schließlich, dass Akira der Schlüssel ist, aber auch eine Marionette in einem komplexen Netz, das den japanischen Waffenhersteller Harimadara Heavy Industries, Waffenschmuggel, explosive Prothesen und die Verbreitung des falschen Gedächtnisvirus umfasst. Als sie Akira schließlich zur Rede stellt, nimmt er sich das Leben und beendet sich selbst als Viruswirt. Batou erzählt Kusanagi später, dass er dachte, sie sei die ursprüngliche Scylla und Anführerin der Separatistenarmee, aber sie antwortet, dass sie seitdem aufgehört hat, so oft die Körper zu wechseln. Später bittet Kusanagi Togusa, sich ihrem Team anzuschließen, auch wenn er nur ein geborener, verheirateter und Vater ist.

Im Winter 2028 nehmen die Spannungen in New Port City zu, da Demonstrationen gegen die Interessen ausländischer Kartelle abgehalten werden. Aramaki von Section 9 schließt die Stadt nach einem Hinweis, dass eine Qhardi-Gruppe mobilisiert wird, um das Yotsubashi-Gebäude nach der Cyber-Kontamination in Harimadara vor Monaten anzugreifen. Plötzlich eröffnet das Riot Squad das Feuer auf die Bürger und sogar auf sich selbst. Kusanagi und ihr Team vermuten einen selbstzerstörenden Virus vom Typ Stuxnet, der möglicherweise vom Terroristen "Fire Starter" freigesetzt wurde. Währenddessen tötet ein gehackter Kusanagi bei einer VIP-Zeremonie zur Feier eines Vertrags zwischen der Wassergesellschaft Kuzan und Harimada Dr. Zhinzhee Bekka Arr Thied mit optischer Tarnung und entkommt. Auf den Straßen fängt Batou ein Cyborg-Mädchen Emma Tsuda ein, die das Massaker begonnen hat, aber Colonel Hozumi vom Armeegeheimdienst will sie, um sie auf den Cyber-Virus zu testen – ein Dreierpaket aus Gehirnwäsche, Geisterinfiltration und falscher Erinnerung – aber Aramaki weigert sich. Bei der Untersuchung stellt sich heraus, dass Tsuda technischer Offizier im Kommando von Colonel Hozumi mit einem speziellen Neurochip-artigen Cyberhirn ist, das von Brinda Jr., "Scarecrow", gehackt wurde. Ishikawas Nachforschungen zeigen, dass Colonel Hozumi Harimadara, den Vizeminister und die 501 ins Visier nimmt. Auf den Docks erschießt Hozumi Tsuda, um sie zum Schweigen zu bringen, aber sie und Scarecrow's Ghosts verschmelzen mit einem Harimadara "mehrbeinigen Panzer". Als Kusanagis Team es schließlich mit Hilfe der Logicomas stoppt, platzt der Tank auf und ein Cyborg taucht auf und geht in Richtung Meer. Jedoch wird durch Kanonenfeuer von einem Kuzan-Schiff vor der Küste zerstört, ebenso wie Hozumis Hubschrauber über ihnen. Während Hozumi in Gewahrsam ist, teilt Aramaki Kusanagi mit, dass ihr nun vom Innenminister eine Sondervollmacht zur Untersuchung des hochrangigen Hackervirus und aller beteiligten Organisationen erteilt wurde.

Vor ihrer Gefangennahme behauptet Hozumi, sie habe den Fire-Starter-Virus erfolgreich mit Cyberbrains verpackt und könne alle Soldaten erschaffen, die sie wollte. Währenddessen explodiert eine unbekannte Figur eine durchscheinende Kugel, um einen Passagierflug 381 zu sprengen, der über ihnen fliegt, indem sie eine Ariel-Prothese explodiert, die in Tei Musrsaka implantiert wurde, einem verdeckten US-Agenten, der mit dem Fire-Starter-Virus infiziert ist. Als Kusanagis Team wegen einer Verbindung zu Fire-Starter seine Wohnung durchsucht, stellen sie fest, dass bereits US-Agenten dort sind. In Aramakis Büro trifft Kusanagi auf Jeril, vom Geheimdienst der amerikanischen Armee, der auch den Fire-Starter-Broker jagt, den sie mit dem Codenamen Pyromaniac haben. Kusanagis Team stimmt Aramakis Bitte zu, mit ihnen zusammenzuarbeiten, unter der Bedingung, dass sie Hozumi befragen kann, der auch ein Ziel von Pyromaniac ist. Ishikawa findet heraus, dass Musrsaka Galves Garcia, einen Cyberdrogenhändler, verfolgt hat. Als Kusanagi im Begriff ist, Hozumi vom Army Medical Center zum Gerichtsgebäude zu verlegen, verursachen Pyromaniac-Angriffe Chaos und Verwirrung. Kusanagi verfolgt ihn zum selben Gebäude, wo sie einen Mann festnehmen, der anscheinend als Stellvertreter verwendet wird. Der Gefangene entkommt, entpuppt sich als Pyromane und erhält Sicherheitscodes. Kusanagi folgert, dass Pyromaniac interne Hilfe hatte, was bestätigt wurde, als er den Konvoi angreift, der Hozumi von einem Kampfhubschrauber transportiert. Pyromaniac hackt sich von außen in Kusanagi ein und sie treffen sich in einer virtuellen Welt, die wie ein Schlachtfeld von Kuzan aussieht. Er sagt, dass er ein Gefäß für die Geister von Galvez, Emma und Murasaka ist. Kusanagi argumentiert, dass er nur ein Konstrukt aus falschen Erinnerungen an den Fire-Starter-Virus ist, um Bedrohungen für seine weitere Existenz zu beseitigen, und sie fängt ihn ein und löscht ihn dann aus. In der realen Welt stirbt auch Pyromaniac, und Kurutsu, der Leiter der 501-Organisation, holt die durchscheinende Kugel von ihm zurück und wirft seinen Körper weg. Unterdessen bekämpfen Kusanagis Team und die Tachikoma Kräfte, die vom Fire-Starter-Virus kontrolliert werden. In der Folgezeit wird Pyromaniacs Cyberhirn wenig Nützliches zurückgeholt und Kusanagi wird vom Premierminister dafür gratuliert, dass sie den Terroristen gefangen hat, der Flug 381 abgeschossen hat. An anderer Stelle erklärt Kurutsu leise, dass sie die Verfeinerung des Virus abgeschlossen hat.